A megfelelő mágneses szeparátor kiválasztásához több tényezőt is figyelembe kell venni, beleértve az anyag tulajdonságait, a feldolgozási kapacitást, az elválasztás pontosságát és a működési környezetet. Például finom-szemcsés mágneses anyagokhoz nagy mágneses térerősségű és nagy gradiensű mágneses szeparátort kell választani; nagy feldolgozási volumenű alkalmazásoknál kompakt szerkezetet és nagy feldolgozási kapacitást kell választani.
Ugyanilyen fontos a mágneses szeparátor karbantartása. A szeparátor belsejében lévő törmelék és por rendszeres tisztítása, a mágneses tér erősségének és egyenletességének ellenőrzése, valamint az elhasználódott alkatrészek azonnali cseréje kulcsfontosságú a mágneses leválasztó hosszú távú, stabil működésének biztosításához.
